Obowiązkowe pliki JPK mogą być przesyłane na różne sposoby, z różnych aplikacji. Czy będzie to program księgowy, czy aplikacja udostępniona za darmo przez Ministerstwo Finansów (Klient JPK), to można pliki JPK_VAT przesłać za pomocą:
- podpisu elektronicznego,
- profilu zaufanego,
- dodatkowo: osoby fizyczne mogą (do końca 2018 roku) przesłać je za pomocą danych autoryzujących – NIP (lub PESEL), imię i nazwisko, data urodzenia i kwota przychodu.
Jeżeli plik JPK ma być przesłany w czyimś imieniu, to należy złożyć w Urzędzie Skarbowym pełnomocnictwo, które uprawni daną osobę do podpisywania deklaracji podatkowych lub plików JPK za pomocą komunikacji online. Wniosek ten nazywa się UPL-1.